Hasil perundingan dilihat lebih menguntungkan Muawiyah. Perjanjian damai yang Ali tidak menandatanganinya, tidak mengiktiraf Ali sebagai khalifah tetapi hanya meletakkan Ali dan Muawiyah sama taraf sebagai pejuang dalam perang. Perundingan juga dibuat beberapa bulan selepas perang dan jika perundingan dibuat serta merta, Ali mungkin akan meneruskan kembali pertempuran jika beliau tidak puas hati dengan hasil perundingan.

Sementara itu pengikut Ali berpecah. Sekumpulan tentera berjumlah 12,000 orang berpecah daripada tentera utama dan mereka berkhemah di sebuah kampung berdekatan bernama Harura. Mereka tidak bersetuju dengan perundingan tersebut dan melihatnya tidak mengikut cara Islam. Mereka menganggap dunia Islam bukan hak peribadi Ali untuk berunding dengan Muawiyah. Tujuan mereka menjatuhkan Uthman dulu untuk mendirikan kerajaan yang betul-betul Islam. Ali pada mulanya berjaya memujuk tentera ini menyertai semula pasukannya tetapi hanya sementara. Tentera ini akhirnya menjadi teras kepada golongan Khawarij.

Dengan tiada keputusan jelas dicapai, situasi sedia ada berterusan. Muawiyah memerintah Syria dan Mesir sementara Ali selebihnya. Kedua-dua pihak bermusuhan sesama sendiri dan keadaan ini berterusan sehingga Ali dibunuh oleh golongan Khawarij pada tahun 661. Dunia Islam kemudian disatukan semula di bawah Muawiyah sebagai khalifah.